Derrumbada la antigua mezquita, ya como templo católico hacia doscientos cincuenta años, en el año 1763 por su deterioro con el paso de los años, es construye en los siguientes años un nuevo templo de mayores dimensiones.
Su esquema seria de tres naves con dos torres en la fachada y cemento
Anejo tras el altar, suprimiéndose los enterramientos en el interior de templo según mandaban las normas de rey Carlos III. Este cementerio estaría cerrado por un claustro sobre lo que hoy son las dependencias Parroquiales y el edificio de la biblioteca municipal.
El templo, después de innumerables percances, ha tenido que ser reconstruido en varias ocasines.
La ruina de la antigua mezquita hizo que ya en 1630 estuviera en construcción un nuevo templo diseñado por el maestro mayor Rodrigo Hernández, autor del programa de templos parroquiales de la diócesis granadina de la época. Su estructura sería del tipo gótico-mudéjar levantino, con grandes arcos que descargaban techos de madera a doble vertiente. Al igual que otras iglesias de Las Alpujarra, la torre campanario se construyó como refugio para los cristianos viejos.
Durante el levantamiento de los moriscos de 1568-1571 la iglesia de Berja fue quemada y una década más tarde todavía no se habla reparado, por lo que se decía misa debajo de un colgadizo.
Para 1591 se había hecho de nuevo.
En 1621, se describe la iglesia de Berja como una de las mejores del Arzobispado, y presentaba un acentuado carácter de iglesia-fortaleza. Pero poco a poco se fue arruinando. En 1763, la iglesia de Berja se hundió y el Santísimo Sacramento fue trasladado a una casa vecina. Unos meses más tarde, se ordenó la construcción de otro templo más amplio en el mismo solar del anterior, proyectado por el maestro mayor Juan José Fernández Bravo, tomando como lejano modelo la basílica de Ntra. Sra. de las Angustias de Granada.Apenas acabada la nueva iglesia, en 1769 la zona del crucero presentaba quiebras. El famoso arquitecto y académico Ventura Rodríguez, se encargó de la nueva construcción, entre ellas de un tabernáculo neoclásico recientemente hallado y hoy en proceso de restauración.
Poco duró esta obra. A consecuencia de los temblores se desplomó la iglesia y el culto se trasladó, en un principio, al panteón o claustro (actual edificio situado en Su cabecera).
Las gestiones para reedificar la iglesia no fructifican hasta 1826, cuando se llega a un acuerdo entre el Estado y el Arzobispado para costear a medias la obra de derribo y construcción del nuevo edificio en el mismo solar, dirigidas por Arquitecto José Contreras.
En 1857 estaba totalmente cubierta, sin embargo, la aparición de grietas en los muros y bóvedas dio lugar a la intervención de la Academia de Bellas Artes de San Fernando, obras dirigidas por el arquitecto Tomas Aranguren.
Apenas acabada la nueva iglesia, en 1769 la zona del crucero presentaba quiebras. El famoso arquitecto y académico Ventura Rodríguez, se encargó de la nueva construcción, entre ellas de un tabernáculo neoclásico recientemente hallado y hoy en proceso de restauración.
Poco duró esta obra. A consecuencia de los temblores se desplomó la iglesia y el culto se trasladó, en un principio, al panteón o claustro (actual edificio situado en Su cabecera).
Las gestiones para reedificar la iglesia no fructifican hasta 1826, cuando se llega a un acuerdo entre el Estado y el Arzobispado para costear a medias la obra de derribo y construcción del nuevo edificio en el mismo solar, dirigidas por Arquitecto José Contreras.
En 1857 estaba totalmente cubierta, sin embargo, la aparición de grietas en los muros y bóvedas dio lugar a la intervención de la Academia de Bellas Artes de San Fernando, obras dirigidas por el arquitecto Tomas Aranguren.
La Iglesia costó casi dos millones de reales y cincuenta y dos años de construcción real que habría que ampliar a sesenta y cinco abarcando todas las obras. Su edificación había supuesto un ingente esfuerzo económico para la población y un lucha tenaz contra obstáculos e imprevistos de toda índole. La actual iglesia de Berja presenta una planta basilical, con tres naves separadas por grandes columnas toscanas de piedra. La nave central se cubre con una bóveda de medio cañón y las laterales con bóvedas baídas (bóveda formada de un hemisferio cortado por cuatro planos). Sobre las puertas laterales se abrieron vanos semicirculares, hoy en día cegados, característicos de los provectos de José Contreras que recoge de la tradición constructiva clasicista desarrollada en la diócesis granadina en la 2 mitad del siglo XVIII. En su fachada destaca las torres gemelas que enmarcan el cuerpo central con pórtico también de columnas y rematado por un frontón de piedra calcárea de la cantera del cerro de Buenavista (Los Cerrillos). Durante los tristes acontecimientos que precedieron a la Guerra Civil, el patrimonio artístico que tenia la iglesia de Berja fue destruido. Entre lo poco que se conserva, debemos destacar la colección de orfebrería y el retablo de San José costeado por la rica familia minera de los Joya”.
Escudo del Marqués de los Vélez en la portada del templo 
