El 19 de marzo de 1936 se extiende el rumor que se quiere atentar contra la iglesia parroquial. Se publica un oficio condenando el posible atentado y el posible castigo de los autores, así como quien infunda dicho rumor.
El 30 de mayo de 1936 se solicita a la alcaldía que se averigüe a quien pertenece la casa que ocupa el cura. Si fuera del Estado o del Ayuntamiento deberá de pagar un alquiler mensual de 30 pesetas. El pleno municipal aprueba por unanimidad que se investiguen los antecedentes que existan en el archivo de dicha propiedad.
Iniciada la Guerra Civil se obligó al párroco a marcharse del pueblo. El templo fue saqueado y se destruyeron sus imágenes, retablos y enseres. La imagen de la Virgen del Rosario de aquella época fue pasto de las llamas, junto con la mayoría de ellas.
La imagen actual de la Virgen del Rosario es de 1940.
Se quemaron además las siguientes imágenes: Santo Cristo, Ecce Homo, la Virgen del Rosario, Virgen del Pilar, Virgen de los Dolores, Inmaculada, Santa Ana, San José , San Pedro, San Marcos y San Lázaro. Solamente se salvó el Niño Jesús de la Virgen del Rosario, el cual no se encuentra actualmente al culto público. El niño fue restaurado en Granada ya que le faltaban dos dedos. El león de San Marcos también se salvó pero se ignora su procedencia. El archivo diocesano también fue quemado, y de Roquetas solamente se salvaron los libros sacramentales, y por ello no se dispone de la documentación del Ayuntamiento referente al patronazgo “popular”.
Niño Jesús de la escuela murciana. Roque López.
El miliciano voluntario armado Gabriel Escudero López tomó parte en el saqueo de la iglesia, así como en la destrucción del retablo del altar mayor.
El 16 de abril de 1937 el camarada Enrique López propone que se traslade el Juzgado Municipal a lo que era la sacristía de la iglesia.
El 20 de septiembre de 1937 el Gobernador Civil ordena al alcalde que manden con urgencia las campanas, cruces y cualquier metal o chatarra.